労働時間＝残業時間になっている

「基本情報設定」＞「就業規則設定」＞「所定時間・残業・深夜設定」をご確認ください。

残業時間の設定が、下記の画像のように
「1日に0時間0分を超える労働を残業とする」などと設定がされてしまっていないでしょうか。

このように設定されている場合、全ての労働時間が残業時間として集計されてしまいます。
こちらを修正していただくことで、問題は解消いたします。